TCRmodel2

O TCRmodel2 é um programa de predição de estrutura de proteínas baseado em adaptações do AlphaFold2. Apresenta alta acurácia de predição do complexo TCR:pMHC, assim como, estruturas unbound de TCRs. O tempo de predição (~15 minutos por complexo para as regiões variáveis) também é reduzido em comparação a outros modelos. As predições já possuem resíduos renumerados para o esquema AHo e cadeias renomeadas para MHC (A), peptídeo (C), TCRalpha (D) e TCRbeta (E).

Para mais informações sobre TCRmodel2, acesse https://github.com/piercelab/tcrmodel2.

Carregando o módulo

Para habilitar o TCRmodel2 no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo tcrmodel2:

module load tcrmodel2

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help tcrmodel2

Executando o módulo

O TCRmodel2 oferece dois principais scripts:

• run_tcrmodel2.py: predição do complexo TCR:pMHC que pode ser chamado com tcrmodel2
• run_tcrmodel2_ub_tcr.py: predição de estruturas unbound de TCRs que pode ser chamado com tcrmodel2_ub_tcr

Ambos scripts contém diferentes flags. Para obter informações sobre o uso de cada um, execute:

tcrmodel2 --help  #or
tcrmodel2_ub_tcr --help

Submetendo jobs

A execução do TCRmodel2 no HPCC Marvin é feita por meio de scripts de submissão no SLURM. Para modelar apenas o TCR unbound, crie um arquivo de script, por exemplo tcrmodel2.sh, com o seguinte conteúdo:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=tcrmodel2
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=6
#SBATCH --partition=short-gpu-small
#SBATCH --mem-per-cpu=8G
#SBATCH --gres=gpu:1g.5gb:5
#SBATCH --output=slurm.out
#SBATCH --error=slurm.error

ml load tcrmodel2

OUTPUT_DIR="/output"
TCRA="GQQVMQIPQYQHVQEGEDFTTYCNSSTTLSNIQWYKQRPGGHPVFLIQLVKSGEVKKQKRLTFQFGEAKKNSSLHITATQTTDVGTYFCAVSYGGSQGNLIFGKGTKLSVKP"
TCRB="DGGITQSPKYLFRKEGQNVTLSCEQNLNHDAMYWYRQDPGQGLRLIYYSQIVNDFQKGDIAEGYSVSREKKESFPLTVTSAQKNPTAFYLCASSIRSTDTQYFGPGTRLTVLE"

tcrmodel2_ub_tcr --job_id=test --output_dir=$OUTPUT_DIR --tcra_seq=$TCRA --tcrb_seq=$TCRB --ori_db=/database/ --tp_db=/opt/tcrmodel2/data/databases --relax_structures=True --max_template_date=2100-01-01

Ao carregar o módulo tcrmodel2, ficarão disponíveis dois comandos (tcrmodel2 e tcrmodel2_ub_tcr) para modelar, respectivamente, o complexo inteiro ou somente TCRab. Lembrando que, para modelar o complexo inteiro, siga as instruções do repositório do TCRmodel2 para configurar as flags e substitua o comando tcrmodel2_ub_tcr por tcrmodel2 no script do slurm.

Para submeter o job, salve o script e utilize o comando sbatch:

sbatch tcrmodel2.sh