Usando o Job Composer do Onpen OnDemand (OOD)

O Open OnDemand é uma plataforma permite aos usuários executar aplicativos e jobs em sistemas de cluster remotos. Com o Job Composer, um componente integrado da plataforma Open OnDemand, os usuários podem facilmente criar e enviar jobs para o sistema de gerenciamento de fila. Neste tutorial passo a passo, você terá um exemplo de como usar o Job Composer para criar jobs para executar o NP³ MS_WORKFLOW.

  1. Na interface inicial do OOD, após o login, entre na seção Job Composer dentro da aba jobs para acessar a ferramenta. Menu para entrada no Job Composer

  2. Clique no botão "New Job" na parte superior esquerda da tela para criar uma nova tarefa. Você pode escolher um template padrão ou um pré-criado. Para este exemplo, vamos no "From Default Template". Criando um novo job

  3. A direita da tela, você verá os quadros "Job Details" e "Submit Script" com os detalhes do arquivo padrão. Para modificá-lo e preenchê-lo, clique em "Open Editor" e abra o editor de texto (provavelmente ele virá em uma nova aba). Abrindo o arquivo texto para modificar

  4. Aqui você terá um editor de texto onde poderá escrever os detalhes da sua tarefa. Realize as modificações necessárias e clique em Save no canto superior esquerdo, em seguida feche a aba. Editando o arquivo texto .sh do job

  5. Se você for realizar tarefas semelhantes no futuro, é uma boa ideia criar um template. Para fazer isso, clique no botão "Create Template". Usando o arquivo para gerar um template

    • 5.1. Preencha ou modifique os dados do fomulário e clique em Save Salvando o template criado

    • 5.2 Agora você poderá criar tarefas a partir deste template padrão, realizando apenas as modificações necessárias como visto nos itens 3 e 4. Usando o template para gerar um JOB

  6. Voltando ao Job Composer, agora é escolher e conferir o job criado (fazendo mais alterações se necessário) e clicar no botão verde >Submit. Usando o arquivo para gerar um template

  7. Você pode acompanhar o status do seu job na seção "Active Jobs" na aba "Jobs". Aqui, você pode ver uma lista de todos os jobs ativos e já concluídos. Jobs rodando e rodados

  8. Para ver a saída do terminal durante o processamento do job, clique no botão Open in File Manager. Esta saída estará escrita no arquivo "slurm-xxxx.out". Outputs do slurm

  9. E os arquivos gerados pelo processamento do NP³? Eles estarão na pasta indicada pelo parâmetro "-o" ou "--output_path" no RUN submetido. Outputs do NP3