Cellprofiler

O CellProfiler é um programa de código aberto amplamente utilizado para análise de imagens biológicas. Ele permite a quantificação de características celulares em imagens, facilitando a análise de grandes conjuntos de dados.

Para mais informações sobre o CellProfiler, acesse https://cellprofiler.org/.

Como executar o CellProfiler no Open OnDemand

Para executar o CellProfiler, são necessários os seguintes passos:

  1. Acesse o Open OnDemand do HPCC Marvin em https://marvin.cnpem.br/.

  2. Em Interactive Apps, abra uma VNC.

  3. No formulário da VNC, selecione a partição gui-gpu-small e defina o número de horas, número de GPUs e número de CPUs conforme necessário. Clique em Launch.

  4. Uma nova janela será aberta com a VNC. Aguarde até que a VNC esteja ativa (Running) e clique em Launch VNC.

  5. Uma vez que a VNC estiver ativa, abra um terminal dentro da VNC.

  6. No terminal, execute o seguinte comando para iniciar o CellProfiler:

    singularity run --nv /opt/images/cellprofiler/cellprofiler-4_2_6.sif ~/Desktop/session.out

O CellProfiler possui as seguintes versões disponíveis:

  • versão 4.2.6: /opt/images/cellprofiler-4_2_6.sif
  • versão 4.2.4: /opt/images/cellprofiler-4_2_4.sif

Além disso, você também pode executar a CLI do CellProfiler diretamente no terminal (sem interface gráfica), utilizando o seguinte comando:

singularity run --nv /opt/images/cellprofiler/cellprofiler-4_2_6.sif -c -r -p proj.cppipe
Os parâmetros utilizados nesse comando são:
  • -c: Executa o CellProfiler em modo CLI (sem interface gráfica).
  • -r: Executa o pipeline na inicialização.
  • -p: Especifica o caminho para o pipeline que será executado (proj.cppipe).