Circos

O Circos é um pacote de software para visualização de dados e informações em um layout circular.
Ele é comumente utilizado para visualização de dados genômicos e criação de gráficos complexos, como:

  • Rearranjos genômicos
  • Conexões genômicas
  • Mapas de calor (heatmaps) e gráficos de dispersão
  • Relações de dados em layouts circulares

Para mais informações sobre o Circos, acesse: https://circos.ca/

Carregando o módulo

Para habilitar o Circos no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo circos:

module load circos

As versões disponíveis do Circos no HPCC Marvin são:
  • circos/0.69-10 (D)
Onde (D) indica a versão padrão.

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help circos

Configurando o módulo

O Circos gera imagens estáticas e o processo de geração das imagens é gerenciado por um arquivo de configurações central. Esse arquivo geralmente importa outros arquivos de configurações, como preferências de fonte e cores.


Para executar o Circos, é necessário passar como argumento um arquivo de configuração com a flag -conf [conf_file].

Acesse Circos: Configuration files para mais informações sobre sintaxe dos arquivos de configuração e como organizar os blocos.

Durante a execução, caso não seja explicitamente definido o arquivo de configuração, o Circos buscará automaticamente por um circos.conf nos seguintes caminhos (entre outros):

./circos.conf
./etc/circos.conf
./../etc/circos.conf

Acesse Circos: Runtime parameters para mais informações.

O módulo contém o diretório example que pode ser utilizado como referência e para testar a execução do mesmo.

Você pode copiar o diretório para o seu home e executar o circos a partir dele, por exemplo:

cd ~
cp -r /opt/images/apps/circos/v0.69-10/example .
cd example
circos

Submetendo jobs

A execução do Circos no HPCC Marvin é feita por meio de scripts de submissão no SLURM. Crie um arquivo de script, por exemplo circos.sh, com o seguinte conteúdo:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=circos
#SBATCH --partition=short-cpu
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=2GB

module load circos/0.69-10

CONFIG_FILE="/caminho/para/circos.conf"

circos -conf "$CONFIG_FILE"

Para submeter o job, salve o script e utilize o comando sbatch:

sbatch circos.sh

Para mais detalhes sobre os parâmetros do Circos, use:

circos --help