cisTEM

O cisTEM (Computational Imaging System for Transmission Electron Microscopy) é um software para o processamento de imagens de criomicroscopia eletrônica (cryo-EM) de complexos macromoleculares, permitindo a obtenção de reconstruções 3D em alta resolução. O software reúne diversas ferramentas para processamento de dados de imagens — incluindo filmes, micrografias e pilhas de partículas únicas — oferecendo um pipeline completo para reconstruções de partículas únicas em alta resolução.

Para mais informações sobre o cisTEM, acesse https://cistem.org/documentation.

Carregando o módulo

O cisTEM está disponível dentro do módulo scipion/3.8.3. Para utilizá-lo no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo scipion/3.8.3:

module load scipion/3.8.3

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help scipion/3.8.3

Como executar o cisTEM no Open OnDemand

Para executar o cisTEM, são necessários os seguintes passos:

  1. Acesse o Open OnDemand do HPCC Marvin em https://marvin.cnpem.br/.

  2. Em Interactive Apps, abra uma VNC.

  3. No formulário da VNC, selecione uma das partições gui-gpu-small ou gui-gpu-big e defina o número de horas, número de GPUs e número de CPUs conforme necessário. Clique em Launch.

  4. Uma nova janela será aberta com a VNC. Aguarde até que a VNC esteja ativa (Running) e clique em Launch VNC.

  5. Uma vez que a VNC estiver ativa, abra um terminal dentro da VNC.

  6. No terminal, execute o seguinte comando para iniciar o cisTEM:

# Habilitar o módulo
module load scipion/3.8.3
# Iniciar o cisTEM com interface gráfica
cistem
cisTEM GUI