deepTools

O deepTools é um conjunto de ferramentas para análise e visualização de dados de sequenciamento de próxima geração (NGS), especialmente voltado para experimentos baseados em alinhamentos como ChIP-seq, RNA-seq e ATAC-seq.

Ele oferece utilitários para normalizar, comparar e representar graficamente dados em formato BAM, bigWig ou bedGraph, permitindo análises detalhadas de cobertura genômica, perfis de enriquecimento e padrões epigenéticos.

O deepTools é amplamente utilizado em bioinformática e genômica funcional para explorar relações entre marcas epigenéticas, expressão gênica e estrutura cromatínica.

Para mais informações, acesse: https://deeptools.readthedocs.io/en/latest/index.html

Carregando o módulo

Para habilitar o deeptools no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo deeptools:

module load deeptools

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help deeptools

Executando o módulo

O deeptools consiste em diversas ferramentas que podem ser chamadas pelo próprio nome, por exemplo:

multiBamSummary bins --bamfiles file1.bam file2.bam -o results.npz 

Algumas outras ferramentas são:

findRestSite                 Identifies the genomic locations of restriction sites
hicBuildMatrix               Creates a Hi-C matrix using the aligned BAM files of the Hi-C sequencing reads
hicQuickQC                   Estimates the quality of Hi-C dataset
hicQC                        Plots QC measures from the output of hicBuildMatrix
hicCorrectMatrix             Uses iterative correction to remove biases from a Hi-C matrix

Consulte todas as ferramentas disponíveis com deeptools -h e mais informações na documentação oficial do deeptools.

Submetendo jobs

A execução do deeptools no HPCC Marvin é feita por meio de scripts de submissão no SLURM. Crie um arquivo de script, por exemplo deeptools.sh, com o seguinte conteúdo:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=deeptools
#SBATCH --partition=short-cpu
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4GB

module load deeptools/3.5.6

BAM_FILE_1="/caminho/para/bamfile1"
BAM_FILE_2="/caminho/para/bamfile2"
OUTPUT_FILE="results.npz"

multiBamSummary bins --bamfiles "$BAM_FILE_1" "$BAM_FILE_2" -o "$OUTPUT_FILE" 

Para submeter o job, salve o script e utilize o comando sbatch:

sbatch deeptools.sh

Para mais detalhes sobre os parâmetros do deeptools, use:

deeptools -h