Etomo

O Etomo é um software para a reconstrução de tomografias eletrônicas, permitindo a visualização e análise de dados de tomografia em 3D. O Etomo é parte do pacote IMOD e é amplamente utilizado na comunidade de microscopia eletrônica.

Carregando o módulo

O Etomo está disponível dentro do módulo scipion/3.8.3. Para utilizá-lo no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo scipion/3.8.3:

module load scipion/3.8.3

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help scipion/3.8.3

Como executar o Etomo no Open OnDemand

Para executar o Etomo, são necessários os seguintes passos:

  1. Acesse o Open OnDemand do HPCC Marvin em https://marvin.cnpem.br/.

  2. Em Interactive Apps, abra uma VNC.

  3. No formulário da VNC, selecione uma das partições gui-gpu-small ou gui-gpu-big e defina o número de horas, número de GPUs e número de CPUs conforme necessário. Clique em Launch.

  4. Uma nova janela será aberta com a VNC. Aguarde até que a VNC esteja ativa (Running) e clique em Launch VNC.

  5. Uma vez que a VNC estiver ativa, abra um terminal dentro da VNC.

  6. No terminal, execute o seguinte comando para iniciar o Etomo:

# Habilitar o módulo
module load scipion/3.8.3
# Iniciar o Etomo com interface gráfica
etomo
Etomo GUI

Para mais detalhes sobre os parâmetros do Etomo, use:

etomo --help