FastQC

O FastQC é um software para análise de controle de qualidade de dados de sequenciamento (NGS – Next Generation Sequencing).
Ele é amplamente utilizado para avaliar a qualidade de arquivos FASTQ, fornecendo uma visão geral rápida e detalhada sobre os dados antes de etapas posteriores de análise.

O FastQC gera relatórios gráficos e estatísticos que permitem identificar possíveis problemas nas leituras, como:

  • Qualidade das bases ao longo das sequências
  • Conteúdo GC e distribuição de tamanhos de leitura
  • Presença de adaptadores ou contaminantes
  • Sequências duplicadas
  • Overrepresented sequences (sequências com frequência anormalmente alta)

Para mais informações sobre o FastQC, acesse:
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

Carregando o módulo

Para habilitar o fastqc no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo fastqc:

module load fastqc

As versões disponíveis do fastqc no HPCC Marvin são:
  • fastqc/0.12.1 (D)
Onde (D) indica a versão padrão.

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help fastqc

Como executar o fastqc no Open OnDemand

Para executar o fastqc, são necessários os seguintes passos:

  1. Acesse o Open OnDemand do HPCC Marvin em https://marvin.cnpem.br/.

  2. Em Interactive Apps, abra uma VNC.

  3. No formulário da VNC, selecione uma das partições gui-cpu, gui-gpu-small ou gui-gpu-big e defina o número de horas, número de GPUs e número de CPUs conforme necessário. Clique em Launch.

  4. Uma nova janela será aberta com a VNC. Aguarde até que a VNC esteja ativa (Running) e clique em Launch VNC.

  5. Uma vez que a VNC estiver ativa, abra um terminal dentro da VNC.

  6. No terminal, execute o seguinte comando para iniciar o fastqc:

# Habilitar o módulo
module load fastqc/0.12.1
# Iniciar o fastqc com interface gráfica
fastqc
FastQC GUI

Para mais detalhes sobre os parâmetros do Fastqc, use:

fastqc --help

Como executar o fastqc via SSH

Ao conectar remotamente no Marvin via SSH, é necessário habilitar o X11 forwarding para exibir a interface gráfica na máquina local.

# Iniciar conexão ssh habilitando X11 forwarding
ssh -X <user>@marvin.cnpem.br

# Habilitar módulo
module load fastqc/0.12.1

# Iniciar o fastqc com interface gráfica
fastqc