Fiji

O Fiji (Fiji Is Just ImageJ) é uma distribuição do ImageJ, um software de código aberto amplamente utilizado para análise e processamento de imagens científicas. O Fiji inclui uma série de plugins e ferramentas adicionais que facilitam tarefas comuns em análise de imagens biológicas.

Para mais informações sobre o Fiji, acesse https://fiji.sc/.

Carregando o módulo

Para habilitar o Fiji no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo fiji:

module load fiji

As versões disponíveis do Fiji no HPCC Marvin são:
  • fiji/2.16.0

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help fiji

Executando o Fiji com interface gráfica (GUI)

A execução do Fiji no HPCC Marvin é feita por meio de uma sessão VNC (Virtual Network Computing) utilizando o Open OnDemand. Para isso, siga os passos abaixo:

  1. Acesse o Open OnDemand do HPCC Marvin em https://marvin.cnpem.br/.

  2. Em Interactive Apps, abra uma VNC.

  3. No formulário da VNC, selecione a partição gui-gpu-small e defina o número de horas, número de GPUs e número de CPUs conforme necessário. Clique em Launch.

  4. Uma nova janela será aberta com a VNC. Aguarde até que a VNC esteja ativa (Running) e clique em Launch VNC.

  5. Uma vez que a VNC estiver ativa, abra um terminal dentro da VNC.

  6. No terminal, execute o seguinte comando para iniciar o Fiji:

# Habilitar o módulo
module load fiji
# Iniciar o Fiji com interface gráfica
fiji
Fiji GUI

Para mais detalhes sobre os parâmetros do Fiji, use:

fiji --help