GROMACS

O GROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulations) é um conjunto de softwares livres e de código aberto para simulação e análise de dinâmica molecular. Ele é amplamente utilizado para o estudo de sistemas biológicos, como proteínas, lipídios e ácidos nucleicos, mas também pode ser aplicado a sistemas não biológicos.

Para mais informações sobre o GROMACS, acesse https://manual.gromacs.org/current/index.html/.

Carregando o módulo

Para habilitar o GROMACS no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo gromacs:

module load gromacs

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help gromacs

Submetendo jobs

A execução do GROMACS no HPCC Marvin é feita por meio de scripts de submissão no SLURM.

Por padrão, recomenda-se utilizar a fila short-gpu-small para execuções de pequeno e médio porte. Para isso, crie um arquivo de script, por exemplo gromacs.sh, com o seguinte conteúdo:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=gromacs
#SBATCH --partition=short-gpu-small
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=2GB
#SBATCH --gres=gpu:1g.5gb:1
#SBATCH --time=24:00:00

# Load GROMACS module
module load gromacs/2024.5

# Run molecular dynamics simulation with GPU acceleration
gmx mdrun -s production.tpr -v -deffnm production -pin off -ntomp $SLURM_CPUS_PER_TASK -nb gpu -pme gpu -update gpu -bonded gpu

Para execuções de maior porte, utilize a fila short-gpu-big e ajuste os parâmetros de recursos conforme o exemplo abaixo:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=gromacs
#SBATCH --partition=short-gpu-big
#SBATCH --ntasks=3
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=2GB
#SBATCH --gres=gpu:a100:1
#SBATCH --time=24:00:00

# Load GROMACS module
module load gromacs/2024.5

# Run molecular dynamics simulation with GPU acceleration
gmx mdrun -s production.tpr -v -deffnm production -pin off -ntomp $SLURM_CPUS_PER_TASK -nb gpu -pme gpu -update gpu -bonded gpu

Para submeter o job, salve o script e utilize o comando sbatch:

sbatch gromacs.sh

Para mais detalhes sobre os comandos do GROMACS, use:

gmx help