hic2cool

O hic2cool é uma ferramenta leve para converter matrizes de contato Hi-C do formato .hic para o formato .cool. Ele suporta arquivos de resolução única ou múltiplas resoluções, permitindo integrar facilmente dados Hi-C com outras ferramentas de análise e visualização.

O hic2cool pode ser utilizado tanto como pacote Python em scripts quanto como ferramenta de linha de comando, oferecendo flexibilidade para pipelines automatizados de processamento de dados Hi-C.

Para mais informações, acesse: https://github.com/4dn-dcic/hic2cool/

Carregando o módulo

Para habilitar o hic2cool no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo hic2cool:

module load hic2cool

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help hic2cool

Executando o módulo

O hic2cool possui diferentes modos que devem ser selecionados ao executá-lo. Segue um exemplo de convert:

hic2cool convert <infile> <outfile> -r <resolution> -p <nproc>

Consulte todos os modos de execução disponíveis com hic2cool -h e mais informações na no repositório do hi2cool.

Submetendo jobs

A execução do hic2cool no HPCC Marvin é feita por meio de scripts de submissão no SLURM. Crie um arquivo de script, por exemplo hic2cool.sh, com o seguinte conteúdo:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=hic2cool
#SBATCH --partition=short-cpu
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=2GB

module load hic2cool/1.0.1

INPUT_FILE="/caminho/para/input/file"
OUTPUT_FILE="/caminho/para/input/file"
RESOLUTION=0
NPROC=1

hic2cool convert "$INPUT_FILE" "$OUTPUT_FILE" -r "$RESOLUTION" -p "$NPROC"

Para submeter o job, salve o script e utilize o comando sbatch:

sbatch hic2cool.sh

Para mais detalhes sobre os parâmetros do hic2cool, use:

hic2cool -h