HiCExplorer

O HiCExplorer é um conjunto de ferramentas para análise, processamento e visualização de dados de experimentos Hi-C, que investigam a organização tridimensional do genoma.

Ele permite construir e normalizar matrizes de contato, corrigir vieses técnicos, identificar domínios topológicos (TADs) e gerar visualizações de alta qualidade, como mapas de calor e comparações entre amostras.

O HiCExplorer é amplamente utilizado em estudos de arquitetura genômica, regulação gênica e epigenética.

Para mais informações, acesse: https://hicexplorer.readthedocs.io/en/latest/

Carregando o módulo

Para habilitar o hicexplorer no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo hicexplorer:

module load hicexplorer

As versões disponíveis do hicexplorer no HPCC Marvin são:
  • hicexplorer/3.7.6 (D)
Onde (D) indica a versão padrão.

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help hicexplorer

Executando o módulo

O HiCExplorer consiste em diversas ferramentas que podem ser chamadas pelo próprio nome, por exemplo:

hicPlotMatrix -m hic_matrix.h5 -o plot.pdf

Algumas outras ferramentas são:

findRestSite                 Identifies the genomic locations of restriction sites
hicBuildMatrix               Creates a Hi-C matrix using the aligned BAM files of the Hi-C sequencing reads
hicQuickQC                   Estimates the quality of Hi-C dataset
hicQC                        Plots QC measures from the output of hicBuildMatrix
hicCorrectMatrix             Uses iterative correction to remove biases from a Hi-C matrix

Consulte todas as ferramentas disponíveis com hicexplorer -h e mais informações na documentação oficial do hicexplorer.

Submetendo jobs

A execução do HiCExplorer no HPCC Marvin é feita por meio de scripts de submissão no SLURM. Crie um arquivo de script, por exemplo hicexplorer.sh, com o seguinte conteúdo:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=hicexplorer
#SBATCH --partition=short-cpu
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4GB

module load hicexplorer/3.7.6

INPUT_MATRIX="/caminho/para/matriz"
OUTPUT="/caminho/para/output/desejado"

hicPlotMatrix -m "$INPUTMATRIX" -o "$OUTPUT"

Para submeter o job, salve o script e utilize o comando sbatch:

sbatch hicexplorer.sh

Para mais detalhes sobre os parâmetros do HiCExplorer, use:

hicexplorer -h