Ilastik

O Ilastik é uma ferramenta de aprendizado de máquina interativa para análise de imagens, especialmente útil para tarefas como segmentação, classificação e rastreamento de objetos em imagens biológicas.

Para mais informações sobre o Ilastik, acesse https://www.ilastik.org/documentation/.

Carregando o módulo

Para habilitar o Ilastik no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo ilastik:

module load ilastik

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help ilastik

Como executar o Ilastik no Open OnDemand

Para executar o Ilastik, são necessários os seguintes passos:

1. Acesse o Open OnDemand do HPCC Marvin em https://marvin.cnpem.br/.

2. Em Interactive Apps, abra uma VNC.

3. No formulário da VNC, selecione a partição gui-gpu-small e defina o número de horas, número de GPUs e número de CPUs conforme necessário. Clique em Launch.

4. Uma nova janela será aberta com a VNC. Aguarde até que a VNC esteja ativa (Running) e clique em Launch VNC.

5. Uma vez que a VNC estiver ativa, abra um terminal dentro da VNC.

6. No terminal, execute o seguinte comando para iniciar o Ilastik:

# Habilitar o módulo
module load ilastik
# Iniciar o Ilastik com interface gráfica
ilastik

Submetendo jobs do Ilastik

O Ilastik também pode ser executado via submissão de jobs no SLURM, permitindo análises em segundo plano e melhor aproveitamento dos recursos do cluster. Crie um arquivo de script, por exemplo ilastik.sh, com o seguinte conteúdo:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=ilastik
#SBATCH --partition=short-gpu-small 
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=2GB
#SBATCH --gres=gpu:1g.5gb:1

module load ilastik

# Executar o Ilastik em modo headless (sem interface gráfica)
ilastik --headless --project proj.ilp

Para submeter o job, salve o script e utilize o comando sbatch:

sbatch ilastik.sh

Para mais detalhes sobre os parâmetros do Ilastik, use:

ilastik --help