Ilastik

O Ilastik é uma ferramenta de aprendizado de máquina interativa para análise de imagens, especialmente útil para tarefas como segmentação, classificação e rastreamento de objetos em imagens biológicas.

Para mais informações sobre o Ilastik, acesse https://www.ilastik.org/documentation/.

Como executar o Ilastik no Open OnDemand

Para executar o Ilastik, são necessários os seguintes passos:

  1. Acesse o Open OnDemand do HPCC Marvin em https://marvin.cnpem.br/.

  2. Em Interactive Apps, abra uma VNC.

  3. No formulário da VNC, selecione a partição gui-gpu-small e defina o número de horas, número de GPUs e número de CPUs conforme necessário. Clique em Launch.

  4. Uma nova janela será aberta com a VNC. Aguarde até que a VNC esteja ativa (Running) e clique em Launch VNC.

  5. Uma vez que a VNC estiver ativa, abra um terminal dentro da VNC.

  6. No terminal, execute o seguinte comando para iniciar o Ilastik:

    singularity run --nv /opt/images/ilastik/ilastik-1_4_0.sif

Além disso, você também pode executar a CLI do Ilastik diretamente no terminal (sem interface gráfica), utilizando o seguinte comando:

singularity run --nv /opt/images/ilastik/ilastik-1_4_0.sif --headless --project proj.ilp
Os parâmetros utilizados nesse comando são: - `--headless`: Executa o Ilastik em modo CLI (sem interface gráfica). - `--project`: Especifica o caminho para o projeto que será executado (`proj.ilp`).