IsoNet

O IsoNet (Isotropic Reconstruction For Electron Tomography) é uma ferramenta baseada em aprendizado profundo desenvolvida para melhorar a reconstrução de volumes em tomografia eletrônica.

Para mais informações sobre o IsoNet, acesse https://isonetcryoet.com/docs.html. O código-fonte está disponível em https://github.com/IsoNet-cryoET/IsoNet.

Carregando o módulo

O IsoNet está disponível dentro do módulo scipion/3.8.3. Para utilizá-lo no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo scipion/3.8.3:

module load scipion/3.8.3

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help scipion/3.8.3

Como executar o IsoNet no Open OnDemand

Para executar o IsoNet, são necessários os seguintes passos:

  1. Acesse o Open OnDemand do HPCC Marvin em https://marvin.cnpem.br/.

  2. Em Interactive Apps, abra uma VNC.

  3. No formulário da VNC, selecione uma das partições gui-gpu-small ou gui-gpu-big e defina o número de horas, número de GPUs e número de CPUs conforme necessário. Clique em Launch.

  4. Uma nova janela será aberta com a VNC. Aguarde até que a VNC esteja ativa (Running) e clique em Launch VNC.

  5. Uma vez que a VNC estiver ativa, abra um terminal dentro da VNC.

  6. No terminal, execute o seguinte comando para iniciar o IsoNet:

# Habilitar o módulo
module load scipion/3.8.3
# Iniciar o IsoNet
isonet
IsoNet CLI 
# Iniciar o IsoNet com interface gráfica
isonet gui
IsoNet CLI

Para mais detalhes sobre os parâmetros do IsoNet, use:

isonet --help