Juicer

Juicer é um pipeline completo para processamento e análise de dados Hi-C, desenvolvido pelo Aiden Lab. Ele automatiza desde o alinhamento das leituras até a geração de mapas de interação genômica em múltiplas resoluções (arquivos .hic).

Útil para explorar estruturas 3D do genoma — como TADs, loops e compartimentos — o Juicer é amplamente adotado em genômica estrutural.

Para mais informações, acesse https://github.com/aidenlab/juicer/wiki.

Carregando o módulo

Para habilitar o juicer no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo juicer:

module load juicer/<versão desejada>

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help juicer

Executando o módulo

O script principal do juicer é chamado com o comando juicer.sh e pode ser executado conforme o exemplo:

juicer.sh -z [reference genome file]

Para mais informações detalhadas sobre o script do juicer, acesse a página de Usage do juicer.

Além do script principal, o módulo também conta com o pacote de ferramentas juicer_tools. Para obter informações sobre o uso e ajuda, execute:

juicer_tools -h

Para mais informações, acesse a página de Quick Start do juicer tools.

Note que, na wiki do juicer tools, ele estará referenciado como juicebox_tools.jar e chama o java para executar o .jar. Isso não é necessário no Marvin, apenas passe as opções e comandos diretamente.

Por exemplo, caso você queira executar o seguinte comando que está na wiki do juicer tools:

java -Xmx2g -jar juicebox_tools.jar pre data/test.txt.gz data/test.hic hg19

No Marvin, você executaria da seguinte forma:

juicer_tools pre data/test.txt.gz data/test.hic hg19

Submetendo jobs

A execução do juicer no HPCC Marvin é feita por meio de scripts de submissão no SLURM. Crie um arquivo de script, por exemplo juicer.sh, com o seguinte conteúdo:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=juicer
#SBATCH --partition=short-cpu
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4GB

module load juicer/2.0

REFERENCE_GENOME="caminho/para/genome/file"

juicer.sh -z "$REFERENCE_GENOME"

Para submeter o job, salve o script e utilize o comando sbatch:

sbatch juicer.sh

Para mais detalhes sobre os parâmetros do juicer, use:

juicer.sh -h