Kraken2

O Kraken2 é uma ferramenta de classificação taxonômica ultrarrápida para dados de sequenciamento metagenômico, baseada na correspondência exata de k-mers.

Ele permite identificar rapidamente a composição taxonômica de amostras biológicas a partir de leituras de DNA, atribuindo cada sequência ao nível taxonômico mais específico possível.

O Kraken2 é amplamente utilizado em estudos de microbiomas, viromas e análises ambientais, oferecendo alto desempenho e precisão por meio de índices otimizados e bases de dados personalizáveis.

Para mais informações, acesse: https://github.com/DerrickWood/kraken2/

Carregando o módulo

Para habilitar o kraken2 no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo kraken2:

module load kraken2

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help kraken2

Executando o módulo

Na segunda versão do kraken, é possível executá-lo via um wrapper script com o binário k2 em combinação com alguns comandos como add-to-library e build. O k2 oferece suporte a todas as opções de linha de comando dos scripts originais e adiciona alguns novos recursos que estão documentados no manual.

Por exemplo, para verificar obter o help do comando build, execute:

k2 build -h

Consulte todos os comandos disponíveis com k2 -h e documentação mais detalhada no manual do Kraken2 no GitHub.

Submetendo jobs

A execução do kraken2 no HPCC Marvin é feita por meio de scripts de submissão no SLURM. Crie um arquivo de script, por exemplo kraken2.sh, com o seguinte conteúdo:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=kraken2
#SBATCH --partition=short-cpu
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=6GB

module load kraken2/2.1.6

DB_PATH="/caminho/para/kraken.db"

k2 build --db "$DB_PATH"

Para submeter o job, salve o script e utilize o comando sbatch:

sbatch kraken2.sh

Para mais detalhes sobre os parâmetros do kraken2, use:

k2 -h