OMERO CLI

O OMERO-CLI é um conjunto de ferramentas de linha de comando baseado em Python, feito para interagir com servidores OMERO. Ele permite que os usuários realizem várias operações, como autenticação, upload/download, import/export, gerenciamento de dados e muito mais, diretamente do terminal.

Para mais informações, acesse a documentação oficial do OMERO-CLI em https://omero.readthedocs.io/en/stable/users/cli/overview.html.

Carregando o módulo

Para habilitar o OMERO-CLI no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo omero:

module load omero

Para acessar a documentação do módulo, use:

module help omero

Para acessar a documentação completa dos parâmetros do OMERO Downloader, execute:

omero --help

Realizando login

O OMERO-CLI requer autenticação para acessar os dados armazenados no repositório. Para realizar o login, use o comando omero login:

omero login

Dados como servidor, usuário e senha serão solicitados interativamente. Você também pode passar todos eles como argumentos para evitar a solicitação interativa:

omero login -s omero-lnbio.cnpem.br -u <user_name> -w <senha>

Autenticando para o OMERO Downloader

O OMERO Downloader requer autenticação para acessar os dados armazenados no repositório. No entanto, ao informar usuário e senha diretamente no comando, essas informações podem ficar visíveis na listagem de processos do sistema. Para evitar esse cenário, recomenda-se realizar a autenticação previamente com o comando omero login e, em seguida, executar o OMERO Downloader utilizando uma chave de sessão por meio da opção -k.

Após o login, uma chave de sessão será gerada e armazenada localmente. Para usar essa chave de sessão com o OMERO Downloader, você pode verificar as suas chaves de sessão usando:

omero sessions list

Para mais detalhes, consulte a página de documentação do OMERO Downloader.