OMERO Downloader
O repositório de imagens OMERO é uma plataforma para armazenamento, gerenciamento e compartilhamento de imagens científicas, especialmente de microscopia.
O OMERO Downloader é uma ferramenta de linha de comando que serve para baixar em massa imagens e metadados de um repositório OMERO, preservando a estrutura de pastas dos datasets e projetos. Essa ferramenta é útil para obter cópias locais das imagens armazenadas no repositório.
Para mais informações sobre o OMERO Downloader, acesse https://github.com/ome/omero-downloader.
Carregando o modulo
Para habilitar o OMERO Downloader no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo omero-downloader:
module load omero-downloader
As versões disponíveis do OMERO Downloader no HPCC Marvin são:
omero-downloader/0.2.2 (D)
(D) indica a versão padrão.Para acessar a documentação do módulo, use:
module help omero-downloader
Para acessar a documentação completa dos parâmetros do OMERO Downloader, execute:
omero-downloader --help
Realizando login
O OMERO Downloader requer autenticação para acessar os dados armazenados no repositório. No entanto, ao informar usuário e senha diretamente no comando, essas informações podem ficar visíveis na listagem de processos do sistema. Para evitar esse cenário, recomenda-se realizar a autenticação previamente com o comando omero login e, em seguida, executar o OMERO Downloader utilizando uma chave de sessão por meio da opção -k.
Para isso, carregue o módulo do OMERO CLI:
ml load omero
Em seguida, execute o comando de login:
omero login -s omero-lnbio.cnpem.br -u <user_name>
Você será solicitado a inserir senha. Após o login, uma chave de sessão será gerada e armazenada localmente. Para usar essa chave de sessão com o OMERO Downloader.
Para verificar as suas chaves de sessão, use:
omero sessions list
Você verá algo como isso:
$ omero sessions list
Server | User | Group | Session | Active | Started
----------------------+----------+-------+--------------------------------------+-----------+--------------------------
omero-lnbio.cnpem.br | analista | LIB | b22d1f3c-e7f3-4cb4-afea-4ce656d82dab | Logged in | Mon Mar 2 15:29:09 2026
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No exemplo acima, você utilizaria a chave de sessão b22d1f3c-e7f3-4cb4-afea-4ce656d82dab com a opção -k do OMERO Downloader.
Baixando dados
O comando base para baixar dados com o OMERO Downloader é o seguinte:
omero-downloader -b <output_dir> -k <session_key> -f <file> <type>:<ID>
Substitua as informações indicadas entre colchetes angulares (
<...>):
<output_dir>: diretório onde os dados serão baixados. É importante que a pasta já exista.<user_name>: seu nome de usuário institucional, no formatonome.sobrenome.<password>: sua senha institucional.<file>: formato do arquivo a ser baixado. O formato recomendado éome-tiff; outros formatos estão disponíveis na documentação de parâmetros do OMERO Downloader.<type>: tipo de objeto que você deseja baixar:Image: imagem individualPlate: placa de experimentos multi-poçosScreen: conjunto de placasDataset: conjunto de arquivos de imagemProject: conjunto de datasets
<ID>:identificador numérico do objeto no OMERO..
Para baixar uma imagem, use:
omero-downloader -b /home/marie.curie/pasta_destino -k <session_key> -f ome-tiff Image:123
Para baixar um Dataset, use:
omero-downloader -b /home/marie.curie/pasta_destino -k <session_key> -f ome-tiff Dataset:123
Para baixar um projeto, use:
omero-downloader -b /home/marie.curie/pasta_destino -k <session_key> -f ome-tiff Project:123
Para descobrir o número de identificação (ID) de uma imagem, dataset ou projeto, acesse a plataforma https://omero-lnbio.cnpem.br. Nela, é possível visualizar a organização dos projetos, datasets e imagens aos quais você tem acesso. Ao selecionar o item desejado, o ID correspondente será exibido no painel à direita, na guia “General”.