Phenix

O Phenix é um conjunto abrangente de ferramentas para a determinação e análise de estruturas macromoleculares, amplamente utilizado na comunidade de biologia estrutural. Ele oferece uma variedade de programas para refinamento, validação e modelagem de estruturas de proteínas e ácidos nucleicos, facilitando a interpretação de dados experimentais obtidos por cristalografia de raios X, microscopia eletrônica e outras técnicas.

Para mais informações sobre o Phenix, acesse https://phenix-online.org/documentation/.

Carregando o módulo

O Phenix está disponível dentro do módulo scipion/3.8.3. Para utilizá-lo no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo scipion/3.8.3:

module load scipion/3.8.3

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help scipion/3.8.3

Como executar o Phenix no Open OnDemand

Para executar o Phenix, são necessários os seguintes passos:

  1. Acesse o Open OnDemand do HPCC Marvin em https://marvin.cnpem.br/.

  2. Em Interactive Apps, abra uma VNC.

  3. No formulário da VNC, selecione uma das partições gui-gpu-small ou gui-gpu-big e defina o número de horas, número de GPUs e número de CPUs conforme necessário. Clique em Launch.

  4. Uma nova janela será aberta com a VNC. Aguarde até que a VNC esteja ativa (Running) e clique em Launch VNC.

  5. Uma vez que a VNC estiver ativa, abra um terminal dentro da VNC.

  6. No terminal, execute o seguinte comando para iniciar o Phenix:

# Habilitar o módulo
module load scipion/3.8.3
# Iniciar o Phenix com interface gráfica
phenix
Phenix GUI

Para mais detalhes sobre os parâmetros do Phenix, use:

phenix --help