Procheck

O Procheck é um pacote de software para avaliar a qualidade geométrica de estruturas de proteínas.
Ele é comumente utilizado para verificar parâmetros como:

  • Geometria dos resíduos (ângulos phi/psi)
  • Validação de ligações de hidrogênio e distâncias
  • Conformidade de resíduos com estruturas cristalográficas conhecidas
  • Geração de gráficos de qualidade e relatórios detalhados

Para mais informações sobre o PROCHECK, acesse https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/PROCHECK/

Carregando o módulo

Para habilitar o PROCHECK no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo procheck:

module load procheck

As versões disponíveis do Procheck no HPCC Marvin são:
  • procheck/3.5.4 (D)
Onde (D) indica a versão padrão.

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help procheck

Configurando o módulo

O PROCHECK inclui várias ferramentas e scripts, como:

  • procheck — avaliação geral de estruturas
  • procheck-nmr — avaliação de estruturas NMR
  • procheck-comp — comparação de conformações

Ao carregar o módulo com module load procheck, é automaticamente executado um script para configuração de variáveis e alias que chamarão os diferentes binários do pacote. O script verifica qual o shell do usuário (bash/zsh ou csh/tcsh) e realiza a configuração de acordo.

Os alias atualmente configurados pelo script são:

prodir='/opt/images/apps/procheck/v3.5.4'
export prodir
alias procheck=$prodir'/procheck.scr'
alias procheck_comp=$prodir'/procheck_comp.scr'
alias procheck_nmr=$prodir'/procheck_nmr.scr'
alias proplot=$prodir'/proplot.scr'
alias proplot_comp=$prodir'/proplot_comp.scr'
alias proplot_nmr=$prodir'/proplot_nmr.scr'
alias aquapro=$prodir'/aquapro.scr'
alias gfac2pdb=$prodir'/gfac2pdb.scr'
alias viol2pdb=$prodir'/viol2pdb.scr'
alias wirplot=$prodir'/wirplot.scr'

Para mais informações sobre os diferentes scripts e programas do Procheck, consulte o Manual e o NMR Manual

Submetendo jobs

A execução do Procheck no HPCC Marvin é feita por meio de scripts de submissão no SLURM. Crie um arquivo de script, por exemplo procheck.sh, com o seguinte conteúdo:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=procheck
#SBATCH --partition=short-cpu
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=2GB

module load procheck/3.5.4

EXAMPLE_FILE="/data/pdb/p1amt.pdb"  # the coordinates file in Brookhaven format
CHAIN="A"                           # an optional one-letter chain-ID
RESOLUTION=1.5                      # a real number giving the resolution of the structure

procheck "$EXAMPLE_FILE" "$CHAIN" "$RESOLUTION"

O script acima funciona para o procheck básico. Caso queira executar o procheck_nmr ou procheck_comp, por exemplo, adapte as variáveis e argumentos de acordo com seus respectivos usos.

Para submeter o job, salve o script e utilize o comando sbatch:

sbatch procheck.sh

Para mais detalhes sobre os parâmetros do Procheck, use:

procheck --help