Relion

O Relion (REgularised LIkelihood OptimisatioN) é um software amplamente utilizado para o processamento de dados de microscopia eletrônica de partículas únicas (cryo-EM). Ele implementa métodos estatísticos avançados para a reconstrução tridimensional de estruturas moleculares a partir de imagens bidimensionais, permitindo a obtenção de mapas de alta resolução. O Relion é conhecido por sua capacidade de lidar com grandes conjuntos de dados e por sua abordagem robusta para a classificação e refinamento de partículas.

Para mais informações sobre o Relion, acesse https://relion.readthedocs.io/en/release-5.0/.

Carregando o módulo

O RELION está disponível dentro do módulo scipion/3.8.3. Para utilizá-lo no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo scipion/3.8.3:

module load scipion/3.8.3

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help scipion/3.8.3

Como executar o Relion no Open OnDemand

Para executar o Relion, são necessários os seguintes passos:

  1. Acesse o Open OnDemand do HPCC Marvin em https://marvin.cnpem.br/.

  2. Em Interactive Apps, abra uma VNC.

  3. No formulário da VNC, selecione uma das partições gui-gpu-small ou gui-gpu-big e defina o número de horas, número de GPUs e número de CPUs conforme necessário. Clique em Launch.

  4. Uma nova janela será aberta com a VNC. Aguarde até que a VNC esteja ativa (Running) e clique em Launch VNC.

  5. Uma vez que a VNC estiver ativa, abra um terminal dentro da VNC.

  6. No terminal, execute o seguinte comando para iniciar o Relion:

# Habilitar o módulo
module load scipion/3.8.3
# Iniciar o Relion com interface gráfica
relion
Relion GUI

Para mais detalhes sobre os parâmetros do Relion, use:

relion --help