Scipion

O Scipion é uma plataforma de software integrada para processamento de dados de microscopia eletrônica de partículas únicas e tomografia (Cryo-EM). Ele fornece uma interface unificada para vários pacotes de software, facilitando o fluxo de trabalho desde a aquisição de dados até a reconstrução 3D e análise estrutural.

Para mais informações sobre o Scipion, acesse https://scipion-em.github.io/docs/release-3.0.0/index.html.

Carregando o módulo

Carregando o módulo

Para habilitar o Scipion no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo scipion:

module load scipion

As versões disponíveis do Scipion no HPCC Marvin são:
  • scipion/3.8.3 (D)
  • scipion/3.0.12
Onde (D) indica a versão padrão.

A versão scipion/3.8.3 inclui outros programas integrados, como: 3dmod, cisTEM, Etomo, IsoNet, Phenix e Relion.

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help scipion

Como executar o Scipion no Open OnDemand

Para executar o Scipion, são necessários os seguintes passos:

  1. Acesse o Open OnDemand do HPCC Marvin em https://marvin.cnpem.br/.

  2. Em Interactive Apps, abra uma VNC.

  3. No formulário da VNC, selecione uma das partições gui-gpu-small ou gui-gpu-big e defina o número de horas, número de GPUs e número de CPUs conforme necessário. Clique em Launch.

  4. Uma nova janela será aberta com a VNC. Aguarde até que a VNC esteja ativa (Running) e clique em Launch VNC.

  5. Uma vez que a VNC estiver ativa, abra um terminal dentro da VNC.

  6. No terminal, execute o seguinte comando para iniciar o Scipion:

# Habilitar o módulo
module load scipion
# Iniciar o Scipion com interface gráfica
scipion
Scipion GUI

Para mais detalhes sobre os parâmetros do Scipion, use:

scipion --help