3dmod

O 3dmod é um programa de visualização e modelagem de dados de microscopia eletrônica em 3D. Ele faz parte do pacote IMOD, que é amplamente utilizado para a análise e reconstrução de imagens de tomografia eletrônica.

Para mais informações sobre o 3dmod, acesse https://bio3d.colorado.edu/imod/doc/3dmodguide.html.

Carregando o módulo

O 3dmod está disponível dentro do módulo scipion/3.8.3. Para utilizá-lo no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo scipion/3.8.3:

module load scipion/3.8.3

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help scipion/3.8.3

Como executar o 3dmod no Open OnDemand

Para executar o 3dmod, são necessários os seguintes passos:

  1. Acesse o Open OnDemand do HPCC Marvin em https://marvin.cnpem.br/.

  2. Em Interactive Apps, abra uma VNC.

  3. No formulário da VNC, selecione uma das partições gui-gpu-small ou gui-gpu-big e defina o número de horas, número de GPUs e número de CPUs conforme necessário. Clique em Launch.

  4. Uma nova janela será aberta com a VNC. Aguarde até que a VNC esteja ativa (Running) e clique em Launch VNC.

  5. Uma vez que a VNC estiver ativa, abra um terminal dentro da VNC.

  6. No terminal, execute o seguinte comando para iniciar o 3dmod:

# Habilitar o módulo
module load scipion/3.8.3
# Iniciar o 3dmod com interface gráfica
3dmod
3dmod GUI

Para mais detalhes sobre os parâmetros do 3dmod, use:

3dmod -h