3D Slicer

O 3D Slicer é uma plataforma de código aberto para análise e visualização de imagens médicas em 3D. Ele oferece ferramentas avançadas para segmentação, reconstrução, registro e modelagem anatômica, sendo amplamente utilizado em pesquisa biomédica, planejamento cirúrgico e aplicações clínicas.

Para mais informações, consulte a documentação oficial do 3D Slicer: https://slicer.readthedocs.io/en/latest/.

Carregando o módulo

Para habilitar o 3D Slicer no Marvin, você deve carregar o módulo 3dslicer

module load 3dslicer/5.8.1

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help 3dslicer/5.8.1

Como executar o 3D Slicer no Open OnDemand

Para executar o 3D Slicer, são necessários os seguintes passos:

  1. Acesse o Open OnDemand do HPCC Marvin em https://marvin.cnpem.br/.

  2. Em Interactive Apps, abra uma VNC.

  3. No formulário da VNC, selecione uma das partições gui-gpu-small ou gui-gpu-big e defina o número de horas, número de GPUs e número de CPUs conforme necessário. Clique em Launch.

  4. Uma nova janela será aberta com a VNC. Aguarde até que a VNC esteja ativa (Running) e clique em Launch VNC.

  5. Uma vez que a VNC estiver ativa, abra um terminal dentro da VNC.

  6. No terminal, execute o seguinte comando para iniciar o 3D Slicer:

# Habilitar o módulo
module load 3dslicer/3.8.3
# Iniciar o 3dslicer com interface gráfica
Slicer
3dslicer GUI

Para mais detalhes sobre os parâmetros do 3D Slicer, use:

Slicer --help