AlphaFold

O AlphaFold é um programa de modelagem de estruturas proteicas utilizando redes neurais artificiais (Deep Learning). Além de proteínas individuais, ele também permite modelar multímeros e complexos.

Para mais informações sobre o AlphaFold, acesse https://github.com/deepmind/alphafold/.

Carregando o módulo

Para habilitar o AlphaFold no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo alphafold:

module load alphafold

As versões disponíveis do AlphaFold no HPCC Marvin são:
  • alphafold/2.3.2 (D)
Onde (D) indica a versão padrão.

Para acessar a documentação do modulo, utilize:

module help alphafold

Submetendo jobs

A execução do AlphaFold no HPCC Marvin é feita por meio de scripts de submissão no SLURM. Crie um arquivo de script, por exemplo alphafold.sh, com o seguinte conteúdo:

 #!/bin/bash
  #SBATCH --job-name=alphafold2
  #SBATCH --partition=short-gpu-big
  #SBATCH --nodes=1
  #SBATCH --ntasks-per-node=1
  #SBATCH --cpus-per-task=8
  #SBATCH --gres=gpu:a100:1
  #SBATCH --mem=64G
  #SBATCH --time=24:00:00

  module load alphafold/2.3.2

  OUTPUT_DIR="resultado_af2"
  FASTA_FILE="meu_target.fasta"

  alphafold \\
    --output_dir=$OUTPUT_DIR \\
    --fasta_paths=$FASTA_FILE \\
    --max_template_date=2023-11-01 \\
    --model_preset=monomer_ptm \\
    --db_preset=full_dbs

O FASTA_FILE deve apontar para o arquivo FASTA da proteína que você deseja modelar. O OUTPUT_DIR é onde os resultados serão salvos.

Para submeter o job, salve o script e utilize o comando sbatch:

sbatch alphafold.sh

Para mais detalhes sobre os parâmetros do AlphaFold, use:

alphafold --help