AlphaFold

O AlphaFold é um programa de modelagem de estrutura proteicas utilizando redes neurais artificiais (Deep Learning). Além de proteínas individuais, ele também permite modelar multímeros e complexos.

Para mais informações sobre o AlphaFold, acesse https://github.com/deepmind/alphafold/.

Como executar o AlphaFold no HPCC Marvin

Para executar o AlphaFold, são necessários os seguintes passos:

1. Crie uma pasta contendo o arquivo FASTA da(s) proteína(s) que deseja modelar. Exemplo: fasta_dir.

2. Crie um script de submissão no SLURM através do sbatch

Abaixo, está o conteúdo de um script de submissão (p. ex. sbatch nova_tarefa_alphafold.sh) do job no SLURM:

#!/bin/sh
#SBATCH --job-name=alphafold
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --partition=short-gpu-small
#SBATCH --mem-per-cpu=8G
#SBATCH --gres=gpu:1g.5gb:1

# essa variável aponta para o banco de dados utilizado pelo alphafold (NÃO ALTERE)   
ALPHAFOLD_DB=/public/alphafold_db_20220825

# imagem do singularity onde o alphafold está instalá-do (NÃO ALTERE)
ALPHAFOLD_SIF=/opt/images/alphafold/alphafold-2_3_2.sif

# essa variável aponta para o arquivo fasta (MUDE PARA O SEU ARQUIVO) 
FASTA_FILE=./fasta_dir/P01308.fasta

# nome da pasta onde os modelos e resultados serão salvos (PODE MUDAR PARA UM NOME QUE ESCOLHER)
OUTPUT_DIR=./results

# comando de execução do AlphaFold
singularity run --nv -B $ALPHAFOLD_DB:/database $ALPHAFOLD_SIF \
    --fasta_paths=$FASTA_FILE \
    --output_dir=$OUTPUT_DIR \
    --data_dir=/database/ \
    --template_mmcif_dir=/database/pdb_mmcif/mmcif_files/ \
    --obsolete_pdbs_path=/database/pdb_mmcif/obsolete.dat \
    --uniref90_database_path=/database/uniref90/uniref90.fasta \
    --mgnify_database_path=/database/mgnify/mgy_clusters_2018_12.fa \
    --pdb70_database_path=/database/pdb70/pdb70 \
    --uniclust30_database_path=/database/uniclust30/uniclust30_2018_08/uniclust30_2018_08 \
    --bfd_database_path=/database/bfd/bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt \
    --max_template_date=`date +'%Y-%m-%d'` \
    --use_gpu_relax 

3. Subsitua os valores das variáveis ALPHAFOLD_SIF, FASTA_FILE e OUTPUT_DIR conforme necessário.

4. Submeta o script de submissão no SLURM. Você pode fazer isso através do comando sbatch:

sbatch nova_tarefa_alphafold.sh

Para verificar os argumentos aceitos pelo AlphaFold, você pode executar o seguinte comando:

singularity run /opt/images/alphafold/alphafold-2_3_2.sif --helpshort