Anotando imagens via OMERO.web

No OMERO.web, é possível executar scripts para realizar diversas tarefas, como gestão de anotação e exportação de dados. Para acessar o menu de scripts, clique no ícone de engrenagens no canto superior direito da interface, ao lado da barra de busca.

Os scripts estão organizados por categorias, sendo que os scripts voltados à manipulação de metadados estão localizados em annotation_scripts.

Tip

Selecione o objeto alvo (Project, Dataset, Screen, Plate, Well, Image) na árvore de dados antes de abrir o script. Isso fará com que os campos Data Type e ID sejam preenchidos automaticamente.

Por que anotar as imagens?

A anotação rigorosa é essencial para a rastreabilidade científica. Metadados estruturados (Tags, pares Key-Value, comentários e anexos) são fundamentais para fluxos de análise automatizados e para a criação de conjuntos de dados alinhados aos princípios FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable).

Expand Metadata: copiar anotações para objetos filhos

O script annotation_scripts > Expand Metadata automatiza a cópia de anotações de um objeto para seus “filhos” na hierarquia (ex: de um Projeto para todos os seus Datasets e Imagens).

Por exemplo, em invés de anotar manualmente a tag Tratamento em centenas de imagens, é possível anotar apenas o Screen de origem e utilizar o script para replicar a tag em todos os objetos (Plate, Well, Image) nele contido.

Parâmetros:

• Data Type: O tipo de objeto selecionado como origem (Project, Dataset, Screen, Plate).
• ID: Identificador(es) do objeto. Para múltiplos alvos, separe os IDs por vírgula.
• Annotation Type: Tipo de metadado a ser copiado (Tags, Key-Value, File, Comment ou All).
• Source Level: Define em qual nível hierárquico o script deve buscar as anotações originais.

No exemplo abaixo, as tags de um objeto do tipo Screen (ID 1953) serão copiadas para seus objetos vinculados (Plate, Well e Image).

No exemplo seguinte, as tags dos Wells pertencentes ao Plate com ID 14220 seriam copiadas para os Images correspondentes aos Wells do Plate selecionado.

Clean Metadata: remover anotações

O script annotation_scripts > Clean Metadata permite a exclusão rápida e controlada de anotações, facilitando a correção de erros ou a padronização de grandes volumes de dados. Além de limpar os metadados de um objeto alvo, é possível deletar também as anotações de todos os objetos vinculados.

Parâmetros:

• Data Type: O tipo de objeto selecionado como origem (Project, Dataset, Screen, Plate).
• ID: Identificador(es) do objeto. Para múltiplos alvos, separe os IDs por vírgula.
• Annotation Type: Tipo de metadado a ser removido (Tags, Key-Value, File, Comment ou All).
• Include Children: Se marcado, a remoção será aplicada também a todos os objetos vinculados ao alvo selecionado.

No exemplo abaixo, as tags de um objeto do tipo Screen (ID 1953) seriam removidas, sem afetar seus objetos vinculados (Plates, Wells e Images).

No exemplo seguinte, todas as anotações do Plate com ID 14220 seriam removidas. Como a opção de Include Children está ativada, as anotações dos Wells e Images associados também seriam excluídas.

Boas práticas de anotação (FAIR no OMERO)

Para garantir que seus dados sejam FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable), siga estas recomendações ao anotar imagens no OMERO:

• Seja consistente: utilize sempre os mesmos nomes para tags e pares key-value ao longo do projeto.
• Use vocabulários controlados: prefira termos padronizados (ex.: nomes de linhagens celulares, compostos, condições experimentais).
• Inclua metadados essenciais: anote informações críticas como linhagem celular, tratamento, tempo de exposição, tipo de microscopia, etc.
• Evite duplicações: antes de criar novas tags, verifique se elas já existem no OMERO utilizando a barra de busca.